O primeiro dia começa com Aya Brea , uma novata da NYPD que por acaso carrega uma pistola carregada em sua bolsa, mesmo em folga, assistindo a uma ópera no Carnegie Hall com uma data não identificada em 24 de dezembro de 1997.
Aya e seu encontro assistem a uma ópera de estilo medieval focada em um homem chamado Edward apaixonado por uma "bruxa" chamada Eva. O pai de Edward o proíbe de se casar com Eva por ter poderes malignos, reivindicando aqueles que se apaixonam por sua beleza por uma maldição. Edward decide morrer com Eva para que ela não seja queimada na fogueira sozinha. Durante a ópera, a atriz de Eva, Melissa Pearce , fecha os olhos com Aya e, de repente, o elenco se incendeia espontaneamente em chamas , exceto por Aya, seu encontro e Melissa. Inicialmente, o público acredita que ele faz parte do programa, mas quando um ator em chamas pula do palco para o público, o público entra em pânico e foge quando o próprio público é incendiado.
Aya acabaria descobrindo que uma cepa mutante de mitocôndrias sencientes, que ficou adormecida no transplante de rim de Melissa por anos, despertou e começou a tomar o controle da humanidade. Aya recebeu grande poder devido ao fato de que ela possuía as mitocôndrias de Maya (transferidas para o corpo durante um transplante de córnea quando criança), mas elas evoluíram diferentemente para serem simbióticas devido à separação geográfica ou não conseguiram controlá-la como Melissa, por causa do núcleo celular evoluído de Aya.
Depois que o público sai ou morre, Aya confronta Melissa no palco e diz a Aya que ela é imune à combustão. Aya e Melissa brigam; durante a luta, Aya descobre que ela pode usar poderes misteriosos conhecidos como Parasite Energy . Melissa luta usando feixes de energia direcionados, mas Melissa acaba se afastando. Do lado de fora do Carnegie Hall, a polícia chega, mas não entra por causa do perigo (seus corpos sentem calor mesmo fora do prédio) e só pode fornecer munição Aya para sua arma.
Lá embaixo, Aya testemunha uma mutação de rato em uma monstruosidade conhecida como Criaturas Neo-Mitocondriais ou NMC. Aya também encontra um diário que revela que Melissa teve uma overdose de imunossupressores e apesar de se sentir mal, Melissa evitou ir ao médico e mencionar sua doença a outras pessoas, com medo de que ela desistisse de seu papel principal. Aya confronta Melissa nos bastidores que está tocando piano, e Melissa diz que as mitocôndrias de Aya precisam de mais tempo para se desenvolver. Melissa então se transforma em uma fera voadora conhecida como Mitochondria Eve e desce para os esgotos, declarando que seu nome é agora Eve. Depois de uma curta caminhada nos esgotos e lutando rãs mutantes e um jacaré. Aya chega fora do Carnegie Hall, onde ela descobre que ela é a única sobrevivente do incidente, enquanto todos os outros morreram queimados (embora não esteja claro se a data dela sobreviveu ou não). O parceiro da polícia de Aya, Daniel Dollis , a acompanha para longe da cena.
Ao longo dos próximos dias, Eva começa a transformar seres humanos, animais e organismos em NMCs. Aya mata NMCs para acabar com o sofrimento e eliminar o perigo que eles possuem.
Parasite Eve
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Playstation
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